Общие указания находятся в Руководстве по FreeBSD, в разделе Портирование Приложений.

Для приложений &java; есть некоторые неофициальные соглашения:

    1) Если это библиотека, то jar-файлы помещаются в каталог:
	  /usr/local/share/java/classes/

    2) Если это отдельное приложение, то jar-файлы помещаются в каталог:
	  /usr/local/share/java/<application-name>/
	а скрипты в:
	  /usr/local/bin/

    3) Документация помещается в каталог:
	  /usr/local/share/doc/java/<application-name>/
      

Чем больше портированных приложений у нас имеется, тем лучше.