FreeBSD 版 JDK のインストールは実に直観的です:

cd /usr/ports/java/jdk
make
make install
make clean

JDK のインストールには要求される依存関係はありません。 しかしグラフィックス機能を使うつもりなら X をインストールし 実行しておく必要があります。

Java で書かれたアプリケーションはたいがい 実行に JFC (Java 基本クラス: Swing) を必要とします。 JFC は /usr/ports/java/jfc にインストールできます。

何かうまくいかないことがあったら FreeBSD Handbook の "アプリケーションのインストール" の章を見てください。